Senior / Lead Bioinformatics

Компания ООО «Онкодиагностика Атлас» (Центр молекулярной онкологии «ОнкоАтлас»)

Наш сайт oncoatlas.ru

ОнкоАтлас - лидирующая компания на рынке прецизионной онкологии. Мы помогаем больным, подбирая лучшее лечение по результатам молекулярного профилирования опухоли. Наша цель - сделать прецизионную онкологию доступной максимальному количеству людей.

В 2020 мы зарегистрировали первый в России набор реагентов для генетического анализа мутаций генов BRCA1/BRCA2 и других методом NGS, в 2021 – набор для анализа 15 генов для диагностики рака легкого, меланомы, колоректального рака и некоторых иных типов рака, а также развиваем широкий спектр услуг персонализированного генетического анализа в онкологии. Дальше - больше. В рамках любой деятельности мы придерживаемся высоких стандартов качества и, помимо разработки и реализации диагностических тест-систем на основе NGS, мы выполняем услуги по комплексному молекулярному профилированию, а также на постоянной основе инициируем или участвуем в научно-исследовательских проектах в сфере трансляционной онкологии.

О позиции:

В нашу R&D команду мы ищем опытного специалиста с бэкграундом в онкологии или генетике для создания и поддержки пайплайнов по анализу генетических данных, адаптации текущей инфраструктуры для новых задач.

У нас небольшая команда биоинформатиков и разработчиков. Мы участвуем в создании и дизайне новых NGS-продуктов, а также разрабатываем ПО для анализа этих данных. Параллельно ведем научные коллаборации с исследовательскими и медицинскими центрами.

У нас развернута достаточно мощная и современная вычислительная инфраструктура для анализа и хранения данных. Мы стремимся к максимальной автоматизации рутинных процессов, поэтому для нас критичны навыки программирования: сейчас это в основном Python, а также Perl и Bash. Важен опыт работы с базами данных (SQL), а также понимание Git и Docker.

Мы открыты к предложениям и изменениям в текущей инфраструктуре — если есть идеи, как сделать наши пайплайны и ПО более стабильными, масштабируемыми и удобными в операционной работе, их точно услышат и поддержат.

Одна из самых сложных и интересных задач у нас — анализ соматических нарушений в опухолях. Поэтому нам нужен человек с опытом в онкологии и пониманием специфики работы с соматическим материалом.

Мы тесно взаимодействуем с лабораторией и клиническими аналитиками — это специалисты с большим опытом и экспертизой. Такое взаимодействие позволяет видеть весь процесс целиком: от пробоподготовки и секвенирования до интерпретации результатов и выбора клинически релевантных мишеней.

В целом у нас молодая, активная команда, которая растет и масштабируется. Есть возможность включаться в процессы на всех этапах: каждый участник команды влияет на продукты и решения, а не просто является винтиком в общей машине.

Обязанности:

• проектирование и развитие пайплайнов обработки данных;
• создание и дизайн новых NGS-продуктов, а также разработка ПО для анализа этих данных;
• анализ соматических нарушений в опухолях
• интеграция пайплайнов с Kubernetes;
• работа с workflow-движками (Nextflow или аналоги);
• оптимизация использования ресурсов кластера;
• интеграция с существующей инфраструктурой (Redis, GitLab, ArgoCD).

Обязательные требования:

• 3+ года опыта работы биоинформатиком в области онкологии, геномики, онкогенетики, клинической онкологии или смежных областях (обязательное требование);
• опыт построения data pipelines;
• продвинутый уровень программирования или автоматизации (Python, Perl, Bash или аналогичные);
• опыт работы с базами данных (SQL);
• пониманием специфики работы с соматическим материалом;
• анализ данных NGS (важно наличие практического опыта работы);
• законченное высшее образование (техническое образование, биоинформатика, Life Science)

Необязательно, но будет плюсом:

• опыт работы c Kubernetes, Docker, Git;
• понимание GitOps-подхода;
• научные исследования в онкологии;
• умение работать в команде, неконфликтность;
• лидерские качества

Скиллы обязательные:

Python, relative database, SQL, Statistical Data Analysis, Biostatistics, ML (Машинное обучение), Git, Data Analysis

Не обязательно, но будет плюсом:

Docker, Quality Control, Cancer Genomics, Kubernetes, bash

Условия: